在倫理思想層面：
以佛教“背親出家“乃是“以匹夫抗天子”，違反了儒家以“忠孝”為核心的思想。衝擊君臣父子的綱常倫理，不利於王朝統治秩序的穩定。
現實治理層面：
隋末戰亂後，佛門亂象未除，僧人良莠不齊。部分人借宗教之名蠱惑人心、干預政事，希望透過限制佛教，強化朝廷對社會的管控。
並附上整改之策：
第一，施行嚴格的度牒制度。
第二，控制寺廟財產。
第三，僧人當自食其力。
第四，迴歸經典，強調“心性修行”和“社會責任”，批判奢靡迷信之風。
秦時的奏疏言辭剴切，擲地有聲，當庭宣讀之際，滿殿文武譁然。
李淵不置可否，卻令人將奏疏遞與三品以上大臣傳閱。
朝堂之上，立時分為兩派。
太僕卿張道源出列叩首，高聲讚道，“雲公所言，字字切中時弊！佛門濫觴，耗國損民，若不整飭，國本將傾。臣附議！”
話音未落，中書令蕭瑀已憤然起身，袍袖翻飛，“荒謬！佛法勸人向善，化導萬民，乃社稷之輔！雲公欲以嚴法苛禁加諸佛門，是欲絕聖人之教，亂天下之心！臣以為不可！”
蕭瑀出身蘭陵蕭氏，乃是“蕭菩薩”蕭衍的直系後人，家族素有崇佛傳統。他本人篤信佛教，視佛陀為“聖人”。
一眾崇佛的官員亦紛紛附和，言稱度牒考核易失公允，農禪並重悖逆沙門清規，更有甚者，直言秦時此舉，堪比北周武帝滅佛之行，恐遭天譴。
而御史臺、戶部官員則多頷首贊同，戶部尚書唐儉朗聲道，“近年寺田兼併愈烈，天下良田近三成入沙門之手。
百姓無田可耕，賦稅無著，長此以往，國將不國。
雲公之策，實乃國之良策！”
支援秦時的人中，當屬太史令傅奕最堅定，他甚至在秦時《請正釋教疏》的基礎上，改“正”為“除”。
“佛教來源於西域，其教義荒誕且距離中原遙遠，漢人翻譯西域的經書時，任由其虛假編造。
因此導致一些人不忠不孝，剃去頭髮對君主和父母行揖禮；還有些人遊手好閒，換上僧服逃避租稅徭役。他們傳佈妖書，宣揚邪法，虛假地開啟‘三塗’（地獄、餓鬼、畜生）之說，錯誤地張揚‘六道’輪迴之論，恐嚇愚昧之人，欺騙平庸之輩。
天下百姓大多缺乏見識，不探究佛教的根源，輕信其虛假欺詐之辭。
人們追悔過去的罪過，憑空謀求未來的福報：佈施一文錢，就希望得到萬倍的回報；持齋一天，就企圖獲得百日的口糧。於是讓愚昧迷惑之人，妄求功德，不怕法規禁令，輕易觸犯法律。
還有些人犯下邪惡叛逆之罪，身陷法網，才在獄中禮佛，口誦佛經，晝夜不停，希望免除罪責。
況且生死壽夭，由自然規律決定；刑罰、恩德、權威、福祿，由君主掌控。
而愚昧的僧人卻虛假編造，聲稱貧富貴賤都是佛陀安排的。這是竊取君主的權力，擅自掌控自然的力量，其危害朝政，實在令人痛心！”
最後，請求李淵下令，革除天下寺院，令所有僧眾強制還俗，嚴令民間傳播佛家經典……
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