系統性地行使天子職權，這對劉協來說，還是破天荒的第一次。
之前他雖然佔領過江夏，但政權從來沒有穩定過，來自各方各面的掣肘因素太多太多。
某種意義上說，劉備小集團的剝離，才給了劉協大展拳腳的空間。他在制定政策的時候，可以不再看任何人的臉色。
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劉協面臨的第一大難題，就是天師道地位的問題。
用宗教來當作治國的輔助工具，其好處是不言而喻的。天師道勸人向善，崇尚自然、率真的態度，有利於百姓的教化和社會風俗的改良。
它自然而然的排斥了各種不利於團結的思潮，能低成本、高效率地組織民眾，大大降低了統治的難度。
但其風險，也是不言而喻的。就是它在天子之外，創立了另一個權威。
對許多信徒而言，教主或神明是高於天子的存在。如果宗教領袖是別有用心的，很容易蠱惑群眾，從而威脅皇權。
所以，劉協需要尋找一個宗教和政權的結合點，以最大化宗教的作用。
劉協所做的第一件事，就是切斷天師道和張魯的聯絡。
他見百姓逃亡的風潮止住了，就命令將軍們前往南方的各個山口處修建關隘，開始禁止百姓通行，不論從哪來到哪去，一概禁止。
這一招，從物理上隔絕了巴地和漢中的聯絡，杜絕了張魯透過宗教對百姓施加影響的可能性。
劉協的第二招，就是實現政權與教權的融合，實現以政為主，以教為輔的政教合一。
他在夏至日舉辦了規模空前的天師道節慶活動，在當天正式宣佈自己加入天師道，甚至煞有介事地交納了五斗黃米。
有大臣對劉協的作法提出異議，劉協則表示：黃老之術，本來就是高祖開國時所尊奉的治國之術，朕只不過是返本還原，重拾先祖的做法而已。
劉協入教後，迅速被提升為大祭酒級別。這是理所當然的，誰敢拿天子當“鬼卒”，再讓他慢慢熬資歷？
他更長遠的打算，是在讓天師道執行一段時間後，由自己擔任教主，實現皇權和教權的統一。劉採芸一個女兒家，整天拋頭露面並不合適，而且劉協還想讓她迴歸匠作營搞科研。
同時，他跟劉採芸也並沒有對張魯那一套照單全收。
兄妹兩人合作，對天師道的部分教義進行了修改，使其變得更加理性和和平和。
對於張天師一家的著述，他們只保留了一部分，作為教眾的讀物；而那些繁瑣、嚴重脫離現實的內容，則全部拋棄。
對於道教龐雜的神仙信仰，劉協只保留了玉皇大帝、西王母、元始天尊三個，剩餘的神只，則由歷史人物充任，例如伏羲、女媧、神農、軒轅、蚩尤、大禹、商湯、文王、姜尚等。
劉協還對“祭酒”體系進行了改革，地方主官兼任轄區內的祭酒，管理宗教事務。而專職的祭酒們，則逐漸從宗教體系中淡出。
這對地方官來說，多管個宗教，並沒有增加什麼負擔。因為道教崇尚自然，一點也不“事逼”，省事得很。
一開始，劉協的手下對他的做法意見很大。這些官員都是聰明人，見多識廣，自然對張魯那一套不感興趣。
但後來看到劉協的那一系列的改革後，就不再有意見了。
這些人其實也不是沒有信仰，中國人不管哪個民族，都信奉天帝，崇拜祖先。劉協改革天師道後，道觀裡的玉皇大帝就可以和天帝劃上等號，別的神只也大多數都是祖先，他們也沒有什麼不能接受的。
慢慢的，劉協手下的文武官員也大都接受了天師道，開始參與天師道的活動。
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