無奈之下，何騰蛟只帶了三十名隨從吏卒，輕裝簡從，冒險北上，去尋找行蹤不定的李赤心部。
他一路追索，從衡州追到湘潭。
當他滿懷希望地進入湘潭城時，卻發現這裡己是一座空城——李赤心部並未在此停留，早己東撤。
何騰蛟悲從中來，忍不住放聲痛哭。
“五年督師，心血嘔盡，而所成竟如是，天也！”
五年督師生涯，嘔心瀝血，耗盡心血，最終得到的竟是這樣的結果，這是天意嗎？！
這哭聲裡，有壯志未酬的悲憤，有心血白流的痛惜，有對同僚掣肘的無奈，更有對大局崩壞的絕望。
痛哭之後，何騰蛟做出了一個令人意外的決定。
他沒有立刻撤離這座危險的空城，反而“緋衣冠帶坐堂上”。
馬進忠得知督師竟然輕身涉險，獨入空城，急忙派部將率兵追趕保護。
但一切，都己經太遲了。
清軍很快得知了何騰蛟孤身進入湘潭空城的訊息。
負責此事的是降將徐勇，而他，曾是何騰蛟的舊部。
此時己降清的徐勇，率輕騎突入湘潭，果然見到了正襟危坐，彷彿在等待他們的何騰蛟。
面對昔日舊主，徐勇心情複雜，他率領部下“羅拜”（環繞跪拜）。
何騰蛟卻厲聲斥罵徐勇的變節行徑，嚴詞拒絕投降。
勸降無效，徐勇無奈，只能命人將其強行帶走。
在隨後的日子裡，清方多次派人勸降。
面對威逼利誘，何騰蛟的回答簡單而決絕。
“何惜一劍乎？”——為何吝嗇一劍，不快快殺了我？
清軍見他不為所動，又使出更卑劣的一招，以其在貴州黎平的家眷性命相威脅。
何騰蛟在回信中寫的明明白白。
“為天下者不顧其家，為名節者不顧其身。”
而後他開始絕食，一連七天不吃東西。
他曾對寺院裡的僧人說：“舀一瓢河水給我喝。這河水從衡州流來，就好比是我故主轄地的水。我喝下去洗淨五臟六腑再離世，也就死而無憾了。”
在何騰蛟的堅決抵抗下，清軍無計可施，最終只能將其殺害。
【《永曆實錄》載：何騰蛟臨刑前，“舉手拍地，連呼可惜！兩掌皆碎”。
《野史無文》載。
”。空亦魚井，害遇蛟騰。五皆，井滿忽魚，生蛟騰。也魚無故井，井魚神有居所“
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”。遂魚，卒蛟騰……中井回放魚將，恐驚民鄉。浪作漲猛水井，滾翻中鍋在魚，面翻正。死不而黃焦邊半，煎油中家回撈人鄉，出游中）底井（從魚一，生蛟騰何“
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。”誠忠“號諡，蛟騰何
