陽光明媚，微風拂面，趙凡與他心愛的寶可夢們——快龍、耿鬼、皮卡丘、九尾以及阿柚一同踏上了充滿未知的旅程。他們穿越茂密的森林，翻越高聳入雲的山峰，涉足波濤洶湧的海洋，足跡遍佈無數個神秘而美麗的島嶼。
這一天，他們來到了一座名為九州島的地方。這座島嶼被鬱鬱蔥蔥的植被所覆蓋，宛如一顆鑲嵌在大海中的綠色明珠。然而，就在他們沉醉於這片美景之時，一場意想不到的危機悄然降臨……
突然間，一群身著黑色緊身衣的身影如鬼魅般出現在他們面前。這些黑衣人個個神情冷峻，眼神中透露出絲絲寒意。毫無疑問，他們屬於某個邪惡組織！
還沒等趙凡他們反應過來，黑衣人便迅速呈合圍之勢將他們包圍。其中一個為首的黑衣人冷冷開口：“把你們身上的寶可夢都交出來，不然別想離開這裡！”趙凡護在了寶可夢身前，眼神堅定：“做夢！我是不會把我的夥伴交給你們這些壞人的。”快龍在一旁發出低沉的吼聲，皮卡丘的臉頰也閃爍著電光，時刻準備戰鬥。
黑衣人見狀，紛紛放出了自己的寶可夢，有惡食大王、雙彈瓦斯等。戰鬥瞬間爆發，快龍率先出擊，用破壞死光擊退了幾隻惡食大王；皮卡丘也不甘示弱，使出十萬伏特攻擊雙彈瓦斯。然而，黑衣人的寶可夢數量眾多，漸漸讓趙凡他們有些招架不住。就在這時，阿柚突然發現黑衣人後方的樹林中有異動，緊接著一群野生寶可夢衝了出來，加入了戰鬥。原來是這片森林的野生寶可夢看不慣黑衣人的惡行，前來幫忙。在眾人和寶可夢的齊心協力下，黑衣人最終被擊退，趙凡他們成功化解了這場危機，又能繼續踏上新的旅程。
擊退黑衣人後，林子裡的野生寶可夢圍了上來，九尾舔了舔領頭的大奶罐的爪子，耿鬼飄在半空吐出幾個幽紫色的惡作劇泡泡，驚飛了枝頭的小刺蛋，惹得整片林子都響起嘰嘰喳喳的歡快叫聲。趙凡靠著快龍寬大的脊背坐下，拿出揹包裡的樹果分給幫忙的野生寶可夢，阿柚蹲在岸邊，用乾淨的泉水洗乾淨皮卡丘沾了草屑的耳朵，皮卡丘蹭了蹭她的手心，跳到她肩頭眯起眼睛蹭了蹭臉頰。
休息到傍晚，九州島的落日把海面染成熔金，趙凡收拾好揹包正準備和幫過忙的野生寶可夢告別，大奶罐卻用腦袋拱了拱他的腰，朝著島嶼深處的山谷方向一步步走去，時不時回頭望向他們，像是在邀請他們一同前往。趙凡心下一動——想來是這座島上還有什麼特別的秘密，於是他揮了揮手招呼夥伴跟上：“走吧，反正我們本來就是來探險的，去看看也沒關係。”
順著山谷往裡走，植被越來越茂密，空氣裡慢慢飄起淡淡的清甜香氣，走到山谷最深處的時候，所有人都停下了腳步愣住了：山谷中央是一片開滿淡粉色花朵的湖，湖中央的小島上，正安安靜靜臥著一隻閃著銀白柔光的 謝米，它正低頭嗅著湖心的花朵，花瓣落在它的背上，像披了一層花織的披風，整個山谷都浸在它散發出來的柔和香氣裡。
大奶罐輕聲叫了一句，謝米抬起頭，晃了晃花團一樣的身子飄到岸邊，它蹭了蹭阿柚的手背，又指了指山谷入口的方向——趙凡這才注意到，剛才戰鬥留下的腳印和破壞痕跡，靠近山谷入口的幾棵樹己經被戰鬥的技能灼傷，而謝米正慢慢走到灼傷的樹幹旁，花瓣一般的爪子輕輕放在樹幹上，淡綠色的光芒慢慢散開，原本焦黑的樹皮上很快冒出了嫩綠的新芽。
原來，九州島這片山谷是謝米守護的花田，那些黑衣人根本不是衝著趙凡的寶可夢來的——他們早就盯上了謝米，想抓住這隻能淨化土地的稀有寶可夢去做非法研究，剛才的圍堵只是調虎離山，要不是野生寶可夢剛好引走了趙凡他們，後果不堪設想。
入夜之後，謝米邀請他們在花湖邊紮營，耿鬼躲在花樹的影子裡偷摘樹果，快龍展開翅膀鋪在地上當成大家的坐墊，九尾暖融融的尾巴搭在趙凡和阿柚的腳邊，皮卡丘抱著謝米送的小花，坐在快龍的頭上看星星。第二天清晨，謝米變成了天空形態，它撲扇著帶花的翅膀，邀請大家坐在它背上逛一逛整個九州島——迎著風從島嶼的上空飛過，能看到翠綠的山林從腳下掠過，海岸線彎出溫柔的弧度，浪花拍著礁石濺起碎銀一樣的水花，阿柚抱著皮卡丘笑著大喊，風聲把她的聲音飄出去很遠，連趙凡都忍不住跟著放聲歡呼。
離開的時候，謝米送給每個人一朵帶著清香的花種，它晃了晃身子，落在趙凡的掌心蹭了蹭，趙凡笑著輕輕摸了摸它的頭：“我們會把種子種到路過的每一片荒山，讓你的花香開遍更多地方。”
謝米叫了一聲，落在山谷最高的樹冠上目送他們離開，趙凡揮揮手轉身，帶著他的寶可夢夥伴們重新踏上旅程，下一作島嶼的輪廓己經在地平線隱約浮現，新的冒險還在前方等著他們。
船帆迎著鹹溼的海風鼓成飽滿的弧形，快龍浮在海面推著木船向前，耿鬼縮在船篷的陰影裡打哈欠，尾巴晃出的影子蹭得皮卡丘發癢，總忍不住湊過去撲著玩。阿柚靠在九尾毛茸茸的背上，手裡翻著舊探險筆記，忽然指向地平線那團模糊的影子：“趙凡你看，那座島的形狀好像一塊切開的樹果蛋糕!”
趙凡舉著望遠鏡笑出聲，那座被當地人叫做“糖霜島”的小島早就記在他的旅行清單裡——據說整座島都長滿了甜棕樹，結出的棕糖甜而不膩，連岸邊的沙子都帶著淡淡的焦糖香。不等木船靠岸，遠遠就能聞到清甜的香氣，剛踩上沙灘，皮卡丘就從阿柚肩頭蹦下來，抱著滾到腳邊的一顆甜棕果啃得滿臉糖霜，九尾也低頭舔了舔沾在爪子上的細沙，眼睛彎成了溫柔的月牙。
沿著沙路往島中心走，路兩邊的甜棕樹越來越密，走到村落門口的時候，趙凡卻發現村子靜得反常——本該熱鬧的村口集市空無一人，連屋簷下掛著的棕糖罐都歪在地上，糖漿流了一地，黏住了匆忙逃跑時落下的布巾。趙凡剛把布巾撿起來，就看見一個挎著籃子的胖丁從樹後探出頭，看見趙凡腰間的寶可夢球，一下子撲過來蹭他的腿，嘴裡發出斷斷續續的嗚咽。
順著胖丁指的方向繞到村後的甜棕園，大家果然看見了熟悉的黑色身影——還是那支邪惡組織的餘黨，剛才在九州島沒抓到謝米，竟然一路追到了糖霜島，打算搶村子裡傳承了百年的 甜棕核心樹，這棵樹是整個島嶼甜棕樹的種子源，要是被搶走，整座島的甜棕林都會慢慢枯死。
趙凡立刻讓夥伴們做好戰鬥準備，快龍一聲怒吼衝在最前面，揚起的風首接掀飛了兩個黑衣人手裡的捕網，耿鬼鑽進陰影裡，一次次用影子球偷襲對方的寶可夢，把惡食大王撞得暈頭轉向；九尾噴出的火焰燃斷了他們綁在樹上的繩索，皮卡丘順著樹幹跳上去，十萬伏特首接劈斷了黑衣人用來鋸樹的電鋸，火花濺得黑衣人連連後退。
村裡的寶可夢和村民聽到動靜也都趕了過來，齊心協力把剩下的黑衣人趕去了海邊，看著他們慌慌張張開著破船逃遠，整個甜棕園都響起了歡呼。村長捧著剛剛熬好的棕糖糕感謝趙凡，軟軟的糕體裹著細碎的堅果，一口咬開滿是清甜的香氣，連不愛甜的耿鬼都偷偷飄過來咬了一小口。
晚上村長留他們住在村子裡，大家坐在曬糖場的稻草堆上看篝火，村民圍著篝火唱歌，胖丁蹦到篝火中央跟著節奏晃身子，全村的寶可夢都湊過來跟著哼歌，九尾趴在稻草堆上，尾巴隨著節拍輕輕晃，甜香的風捲著火星飄向夜空，趙凡把謝米送的花種埋在了核心甜棕樹的旁邊，澆上了清甜的泉水。
第二天清晨離開的時候，村長給他們的揹包塞滿了裝著棕糖的小罐子，說這是給他們路上的點心。趙凡站在船尾揮別送別的村民和寶可夢，抬頭望去，下一座島嶼的輪廓己經在霧氣裡慢慢清晰，海風帶著新的香氣吹過來，他低頭看了看身邊笑鬧的夥伴，握緊了船舵：
“出發，下一站!”
帶著花香和糖香的旅行，還在一片蔚藍裡繼續向前。
霧氣慢慢散開，露出那座島嶼的全貌：黑色的玄武岩沿著海岸線堆疊成陡峭的崖壁，崖頂爬著深藍色的野生藤草，海浪撞在巖壁上，濺起的水霧在朝陽下扯出一道細碎的彩虹。阿柚對著筆記核對了半天，忽然叫出聲：“這就是‘黑曜石島’？筆記上說島中心有一座休眠火山，火山口裡藏著一片天然的溫泉湖哎!”
聽說有溫泉，九尾立刻興奮地晃了晃大尾巴，原本推著船的快龍也加快了速度，沒一會兒就靠在了島邊唯一的平緩沙灘上。剛踏上島，就感覺到腳下的土地帶著淡淡的溫度，往火山口走的路上，隨處可見冒著熱氣的地熱泉，淺淺的泉水裡飄著淡藍色的琉璃寶石草，連空氣裡都帶著暖融融的硫磺香氣。
走到火山口邊緣的時候，連趙凡都看呆了——圓形的火山口積著一汪碧色的溫泉，水汽嫋嫋地往上飄，圍繞著湖邊長滿了能耐熱的火山果，夕陽照在湖面，把岸邊的黑曜石碎石映得像撒了一地碎鑽。皮卡丘早就忍不住了，爪子扒著岸邊滾進去，濺起的水花驚飛了躲在石縫裡的 瑪瑙水母，一群小水母飄在水面，透明的傘身跟著水波輕輕晃，泛著珍珠一樣的光。
大家正泡著溫泉放鬆，耿鬼忽然鑽進了旁邊的石縫，沒過一會兒叼著一塊刻著文字的舊石板飄出來——石板上的文字是古代寶可夢文，趙凡藉著阿柚的筆記辨認了好久，才看懂上面寫著：火山湖底藏著一顆“燃燒種子”，是維持整座島地熱的核心，如果種子失去力量，整座島的溫泉都會慢慢變冷，所有耐熱植物都會枯死。
正說著，整座火山忽然輕輕晃了一下，一塊碎石從頭頂落下來，趙凡一把拉開阿柚，心裡頓時生出不好的預感：肯定又是那夥黑衣人搞的鬼!他們順著晃動的方向摸到湖底的洞口，果然看見幾個黑衣人拿著鑽機在鑿洞，洞裡放著的那顆閃著橘紅微光的燃燒種子，己經被他們撬得鬆鬆垮垮，旁邊的巖壁都裂開了好幾道縫。
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