接下來，他潛心鑽研丸劑。古法制丸，多是將藥材碾碎，加水揉團，手工搓丸，不僅大小不均，而且易受潮變質，服用也不便。孫思邈選用蜂蜜、米糊作為黏合劑，根據病症不同，分別煉製蜜丸、水丸、糊丸：蜜丸溫潤，適合滋補調理；水丸易溶，適合急症速治；糊丸黏性足，適合緩釋藥效。
他還自制了木質制丸模具，將藥泥填入模具，按壓成型，製成的丸藥大小均勻、圓潤光滑，再用蠟紙包裹，放入木盒儲存，可存放數月不變質。
孫行看父親制丸，便在一旁學著揉搓藥泥，小小年紀，手法竟也有模有樣。
“父親，這蜜丸聞著甜甜的，比湯藥好咽多了。”孫行捧著一顆搓好的蜜丸，好奇地說。
孫思邈笑著摸了摸兒子的頭：“正是如此，孩童、老人怕苦，蜜丸溫和甘甜，最適合他們服用。行兒，你要記住，製藥劑不僅要藥效好，還要讓百姓願意吃、方便吃，這才是醫者的用心。”
孫行認真點頭：“我記住了，父親。以後我制丸，也要做得又圓又甜。”
而後是膏劑，孫思邈針對風溼痺痛、瘡瘍腫痛、體虛勞損等病症，改良熬膏之法。他將藥材反覆煎煮三次，濾出藥汁合併，文火濃縮至稠厚狀，再加入麻油、蜂蠟熬製調勻，製成外用的軟膏與內服的膏滋。外用軟膏敷於患處，藥效首達病灶。內服膏滋溫潤滋補，適合長期調養，且膏體黏稠，密封后可存放半年之久。
溫氏最擅熬製膏滋，每日守在藥爐旁，添柴控火，細心攪拌，生怕火候過了膏體焦糊。一日熬製枸杞地黃膏時，她不慎被藥爐燙到手指，指尖瞬間泛紅。
孫思邈見狀，連忙拉過妻子的手，取出自制的清涼軟膏輕輕敷上，心疼道：“娘子怎這般不小心，燙壞了可如何是好？”
溫氏忍著疼，笑著搖頭：“不妨事，一點小傷，塗了你制的軟膏，片刻就好了。我只是想著這膏滋要熬得稠厚，才多攪了幾下，沒留神燙到了。”
“藥事再重要，也不及你的身子重要。”孫思邈語氣帶著責備，更多的卻是疼惜，“往後熬藥，切莫心急，有我在，慢慢試驗便是。”
除了湯、丸、膏，孫思邈還潛心鑽研丹劑，摒棄以往丹術追求虛妄長生的弊端，專注於藥用丹劑的煉製，選用礦物藥與草木藥配伍，以文火慢煉，去除毒性，提煉出純淨藥丹，用於癰疽瘡毒、急症驚癇等病症，藥效迅猛且精準。
孫孝冰路過丹爐旁，見煙氣清和，問道：“這丹爐之法，可穩妥了？”
孫思邈答道：“父親放心，己去毒提純，只作藥用，不涉虛妄。”
對於酒劑，他以太白山清泉釀酒，再將藥材浸入酒中，密封浸泡，根據藥材特性設定浸泡時長，製成藥酒，用於風溼骨痛、筋骨麻木、體虛畏寒等症，酒行藥勢，藥效倍增，且酒劑易儲存，山民常年飲用，可強身健體。
露劑則是採集山中百花、鮮葉，蒸餾提取清露，清香淡雅，藥性平和，適合風熱感冒、咽喉腫痛、心煩口渴等輕症，老人孩童皆可服用，無半點刺激。
散劑改良為超細粉末，用絹篩反覆篩濾，藥粉細膩，既可內服，亦可外敷，內服兌水沖服，外敷撒於瘡面，止血消炎，便攜易帶，最適合獵戶、山民隨身攜帶。
錠劑則將藥粉加黏合劑製成錠狀，堅硬耐用，可磨汁塗抹，亦可切片煎服，用於瘡瘍腫毒、蟲蛇咬傷，存放數年藥效不減，是山中百姓必備的應急良藥。
日復一日，年復一年，孫思邈從藥材採摘、炮製，到劑型熬製、提純、成型、儲存，形成了一套完整嚴謹的工藝。他摒棄以往藥材粗製濫造、提純不足的弊端，讓草藥有效成分充分析出，製成的藥劑藥效大幅提升，服用簡便，儲存長久，徹底改變了民間藥劑藥效不穩、不易儲存的局面。
溫氏始終伴其左右，藥爐旁日夜操勞，熬藥、封裝、貼籤、晾曬。她將每一種藥劑分門別類，貼上工整的藥籤，註明藥性、用法、儲存時長，茅廬一側的藥櫃裡，陶罐、木盒、瓷瓶整齊擺放，湯、丸、膏、丹、酒、露、散、錠一應俱全，藥香清雅，井然有序。
